《終末的後宮》主視覺圖公開

萌智乃

                               
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2040年，醫學高材生水原怜人罹患一種無法醫治的罕見疾病「細胞硬化症」，他聽從醫生的建議進入冷凍睡眠五年，以便屆時解藥開發成功而得到治療。

不料這五年間，被稱為「MK病毒」（Male Killer，男性殺手病毒）的病毒席捲了全世界，人類感染就會全身膚色變成紫色，三天內致死，病毒能透過空氣傳染，傳染力相當強，瞬間就在全球爆發大規模疫情，導致全世界包括怜人在內只剩五個男人生存。

雖然怜人因為患上細胞硬化症而存活下來、產生抗體治癒了MK病毒，且細胞硬化症也在之後由解藥完全治癒，但甦醒後的他卻必須肩負與大量女性交配、讓人類得以延續的使命。
由於流失大量科學家與技術人員的世界，許多科學技術因此失傳，人類面臨很大的存亡危機，雖然倖存下來的女性在UW女性臨時政府的控制下保持著最低限度的生活。

因此男性成為世界最重要的資源，倖存的男性都被安排了防護官，儘管擔任怜人防護官的周防美來不斷告誡他自己的使命，但怜人因對行蹤不明的青梅竹馬橘繪理沙仍抱有感情，選擇暫時拒絕與眾女性交配，想要先用一個月的時間先尋找繪理沙。

數次突發事件後，在意識到還有為數百萬的男性進入冷凍睡眠暫緩死亡和自己的男性親人還生存時，他發現繪理沙留下訊息告知MK病毒是人造病毒，於是他爭取可以自交配設施外出、進入MK病毒的研究設施的權利並選擇投入醫學研究尋找病毒的解方，以解除人類的絕種危機並逃避交配。

與此同時，UW日本支部的領導層持續監視男性，並推行著機密計劃，而第三名男性，原是男高中生的土井翔太也在此時甦醒，他在他的專屬防護官神谷花蓮的誘導下開始與眾女性交配，而滿意的領導層因此決定解職周防美來，更替怜人的專屬防護官。